ScheduleEvent local time

4
Jul 2016
  • 07:30 - 09:00
    Módulo I. Introducción a las técnicas Next Generation Sequencing

    Presentación

    • Presentación de los participantes, directores y ponentes
    • Descripción de las sesiones
    • Declaración de interés de los alumnos por cada una de las técnicas

    Ponentes: Drs. Alfredo García-Fernández, Carlos Lara Romero y José María Iriondo (URJC)

  • 09:00 - 09:30
    Pausa

    ----------

  • 09:30 - 11:30
    Módulo I. Introducción a las técnicas Next Generation Sequencing
    • Descripción de las técnicas de Next Generation Sequencing
    • Plataformas de secuenciación y su evolución
    • Aplicaciones
    • Recomendaciones para los estudios

    Ponentes: Drs. Alfredo García-Fernández, Carlos Lara Romero y José María Iriondo (URJC)

     

  • 11:30 - 12:30
    Comida

    ----------

  • 12:30 - 14:00
    Módulo I. Introducción a las técnicas Next Generation Sequencing
    • Instalación del software específico en los ordenadores
    • Formación en comandos básicos de Linux

    Ponentes: Drs. Alfredo García-Fernández, Carlos Lara Romero y José María Iriondo (URJC)

  • 14:00 - 14:30
    Pausa

    ----------

  • 14:30 - 16:00
    Módulo I. Introducción a las técnicas Next Generation Sequencing
    • Instalación del software específico en los ordenadores
    • Formación en comandos básicos de Linux

    Ponentes: Drs. Alfredo García-Fernández, Carlos Lara Romero y José María Iriondo (URJC)

5
Jul 2016
  • 07:30 - 09:00
    Módulo II. Perdiendo el miedo a los datos
    • Presentación de los datos procedentes de una secuenciación masiva. Explicación de la información que contiene
    • Edición de datos y filtrado por calidad. Manejo de software específico (Trimmomatric, FastQC…)

    Ponentes: Drs. Alfredo García-Fernández y Carlos Lara Romero (URJC)

  • 09:00 - 09:30
    Pausa

    ----------

  • 09:30 - 11:30
    Módulo II. Perdiendo el miedo a los datos
    •  Ejecución de pipelines sencillas en LINUX. El ejemplo de QDD para buscar regiones microsatélites
    •  Ejecución del programa QDD con datos predefinidos

    Ponentes: Drs. Alfredo García-Fernández, Carlos Lara Romero (URJC)

  • 11:30 - 12:30
    Comida

    ----------

  • 12:30 - 14:00
    Módulo III. Ensamblaje de novo y análisis filogenéticos-filogeográficos
    • Necesidad de los diferentes tipos de ensamblaje en las técnicas NGS. ¿Necesito siempre un genoma de referencia?
    • Como afrontar los análisis filogenéticos y filogeográficos. Recomendaciones y consejos
    • Exposición de casos reales de estudio

    Ponentes: D. José Carlos del Valle y Dra. Ines Soriguer (Universidad Pablo de Olavide)

  • 14:00 - 14:30
    Pausa

    ----------

  • 14:30 - 16:00
    Módulo III. Ensamblaje de novo y análisis filogenéticos-filogeográficos
    • Ejemplos prácticos bajo la supervisión de los ponentes utilizando un dataset procedente de NGS
    • Software Genious (ensamblaje y alineamiento)
    • Programas filogenéticos y filogeográficos: Mrbayes, RaxML, otros

    Ponentes: José Carlos del Valle y Dra. Inés Soriguer (Universidad Pablo de Olavide)

6
Jul 2016
  • 07:30 - 09:00
    Módulo IV. Análisis de múltiples genomas; metagenómica y 16S
    • Descripción básica de la metagenómica. Aplicaciones y limitaciones
    • Cómo afrontar un análisis metagenómico. Recomendaciones, regiones potenciales para considerar. Tratamiento de muestras
    • Recomendaciones y consejos

    Ponentes: Dras. Andrea Meseguer y Maria Razzauti (CBGP-INRA, Montpellier)

  • 09:00 - 09:30
    Pausa

    ----------

  • 09:30 - 11:30
    Módulo IV. Análisis de múltiples genomas; metagenómica y 16S
    • Ejemplos prácticos bajo la supervisión de los ponentes
    • Software específico para metagenómica
    • Análisis de scripts con R

    Ponentes: Dras. Andrea Meseguer y Maria Razzauti (CBGP-INRA, Montpellier)

  • 11:30 - 12:30
    Comida

    ----------

  • 12:30 - 16:00
    Módulo V. Análisis de elementos repetitivos del genoma
    • Introducción conceptual a los elementos repetitivos del genoma
    • Como afrontar un estudio de las secuencias repetitivas del genoma
    • Recomendaciones y consejos

    Ponentes: Drs. Daniel Vitales y Sonia García (Institut Botanic de Barcelona)

  • 14:00 - 14:30
    Comida

    ----------

  • 14:30 - 16:00
    Módulo V. Análisis de elementos repetitivos del genoma
    • Ejemplos prácticos bajo la supervisión de los ponentes
    • Software específico para el análisis de elementos repetitivos del genoma
    • Servidor Galaxy y RepeatExplorer

    Ponentes: Drs. Daniel Vitales y Sonia García (Institut Botanic de Barcelona)

7
Jul 2016
  • 07:30 - 09:00
    Módulo VI. Buscando polimorfismos en el genoma. RAD y GBS y sus aplicaciones
    • Explicación de cada una de las técnicas: del laboratorio a la bioinformática
    • Aplicaciones para estudios genómicos
    • Recomendaciones y consejos

    Ponentes: Irene Villa y Yurena Arjona (Real Jardín Botánico de Madrid – CSIC)

  • 09:00 - 09:30
    Pausa

    ----------

  • 09:30 - 11:30
    Módulo VI. Buscando polimorfismos en el genoma. RAD y GBS y sus aplicaciones
    • Ejemplos prácticos bajo la supervisión de los ponentes
    • Software específico para la obtención de SNP’s y estudios poblacionales

    Ponentes: Irene Villa y Yurena Arjona (Real Jardín Botánico de Madrid – CSIC)

  • 11:30 - 12:30
    Comida

    ----------

  • 12:30 - 14:00
    Módulo VI. Buscando polimorfismos en el genoma. Aproximaciones de captura génica y genotipado de SNPs
    • Producción práctica de genotipos utilizando secuenciación dirigida (exoma y genes). Construcción de archivos VCF para análisis de genética de poblaciones
    • Depuración y filtrado de archivos VCF, preparación de datos para su análisis
    • Genotipado con SNPs usando la tecnología Illumina Infinium

    Ponente: Dr. Santiago C. González-Martínez (INRA, Burdeos)

  • 14:30 - 16:00
    Módulo VI. Buscando polimorfismos en el genoma. Aproximaciones de captura génica y genotipado de SNPs
    • Análisis de genética de poblacionales (diversidad de nucleótidos, estructura poblacional, test de neutralidad, etc.) para grandes conjuntos de datos
    • Ejemplos prácticos bajo la supervisión del ponente. Casos de estudio de Taxus baccata y Pinus Pinaster

    Ponente: Dr. Santiago C. González-Martínez (INRA, Burdeos)

8
Jul 2016
  • 07:30 - 09:30
    Módulo VII. Discusión general
    • Clase magistral sobre la aplicación de técnicas NGS a estudios con árboles

    Ponente: Dr. Santiago C. González-Martínez (INRA, Burdeos)

  • 09:30 - 10:00
    Pausa

    ----------

  • 10:00 - 11:30
    Modulo VII. Discusión general
    
    
    • Repaso de conceptos
    • Cierre del curso

    Ponentes: Drs. Alfredo García-Fernández, Carlos Lara romero y José María Iriondo (URJC) y Santiago C. González Martínez (INRA, Burdeos)

     

    Nota: las sesiones se acompañarán de ejercicios prácticos utilizando software libre en entornos Linux y R.

    
    

Legal notice | Contact Plataforma de organización de eventos Symposium Copyright © 2019